【特定技能】在留資格認定証明書交付申請の全手順｜内定から入国まで解説

深刻な人手不足が続く中、特定技能制度は企業にとっての「救世主」となっています。しかし、いざ海外から人材を呼び寄せようとすると、複雑な法規制や膨大な書類、そして分野ごとに異なる独自ルールが立ちはだかります。

アンケート調査では、多くの企業が「制度の理解不足」や「ビザ取得の不安」を課題に挙げています。この記事では、海外から特定技能外国人を呼び寄せる「在留資格認定証明書（COE）交付申請」について、実務の伴走者として、内定から就労開始までの全工程を網羅的に解説します。

特定技能「海外呼び寄せ」の時系列フロー

海外から人材を採用する場合、手続きは大きく5つのフェーズに分かれます。

フェーズ	主な内容	実施のポイント
1. 募集・内定	試験合格の確認、採用面接	合格証の有効性と健康状態の確認
2. 雇用・ガイダンス	雇用契約締結、事前ガイダンス	日本人同等以上の報酬設定が必須
3. 支援計画・協議会	支援体制の構築、分野別手続き	登録支援機関への委託検討
4. 書類収集・申請	公的書類の収集、COE交付申請	納税・社保の完納証明が最重要
5. 査証・入国	現地での査証申請、入国・就労	生活オリエンテーションの実施

【フェーズ1】募集・内定と「事前確認」の重要性

採用を決定する前に、まずは外国人本人が「特定技能」の要件を満たしているかを厳密にチェックする必要があります。

【フェーズ2】雇用契約の締結と「事前ガイダンス」

内定を出した後は、法的な雇用関係を構築し、本人へ制度の説明を行います。

報酬の「日本人同等額以上」の立証

特定技能において、報酬額が日本人と同等以上であることは審査の「心臓部」です。

よく間違えるポイントとしては、単に「最低賃金以上」であれば良いわけではありません。同等の経験を持つ日本人従業員と比較して、なぜその給与額なのかを客観的な資料（賃金規定や比較対象者の賃金台帳）で説明できなければ、不許可リスクが非常に高まります。

具体的な立証方法としては、単に基本給を合わせるだけでなく、『年齢・勤続年数・保有資格・前職の経験』を項目化し、比較対象となる日本人社員との整合性を説明します。

例えば、『本人は海外での実務経験が5年あり、これは当社の社内基準では入社3年目の日本人社員〇〇氏の技能水準に相当するため、同額の技能手当を支給する』といった、実務経験を社内評価にスライドさせた論理的な説明が求められます。

比較項目	特定技能外国人（本人）	比較対象の日本人社員
年齢	25歳	26歳
経験年数	5年（海外含む）	3年（自社）
保有資格	整備技能3級相当	整備技能3級
基本給	200,000円	200,000円
手当	住宅手当（実費分）	住宅手当（規定通り）

事前ガイダンスの実施

雇用契約締結の前後、申請前に、本人が十分に理解できる言語（通訳を介してなど）で、労働条件や入国手続きについて説明しなければなりません。

外国人本にに説明する際は、対面またはビデオ通話（Zoom等）で行う必要があります。単に書類を渡すだけでは「実施した」と認められません。

【フェーズ3】支援体制の構築と「分野固有」の手続き

特定技能外国人を支える「支援計画」の策定と、業界特有のルールへの対応が必要です。

1号特定技能外国人支援計画（10項目）

企業は、入国時の送迎、住宅確保の支援、銀行口座の開設補助など、法律で定められた「10項目の義務的支援」を確実に実施する計画を立てなければなりません。

分野別協議会への加入

2024年以降の制度改正により、すべての分野において、入管への申請（COE交付申請や在留資格変更申請）を行う前に協議会へ加入していること（または入会届出を済ませていること）が必須になりました。

以前は「受入れ後4ヶ月以内」で良かった分野も、現在は「COE申請前に加入（又は登録法人への入会）を完了」し、加入証明書を申請書類に添付するルールに変わっています。

協議会の入会審査には数週間を要するケースもあります。雇用契約締結と同時に、真っ先に協議会手続きに着手することが、最短での入国を実現するための新常識となっています。

当サイトヘッダーメニューの「特定技能試験情報」に各種団体・協議会の公式サイトリンクを設置しておりますので詳細はそちらからご覧ください。

【フェーズ4】必要書類の収集チェックリスト

申請には、企業側と本人側で膨大な書類を揃える必要があります。

書類種別	具体的な書類名	注意点
公的証明	登記事項証明書、役員の住民票	発行から3ヶ月以内のもの
納税関係	法人税、消費税、所得税の納税証明書（その3）	未納が1円でもあると一発不許可の可能性
社保関係	社会保険料納入状況照会回答票	直近24ヶ月分の納付状況を確認
労働関係	労働保険料等納付証明書（未納なし証明）	労働局で取得。遅滞も厳禁
決算関係	直近2期分の決算書（貸借対照表・損益計算書）	債務超過の場合は「改善見通し評価書」が必要

書類名	留意事項
パスポートの写し	有効期限と過去の入国歴の整合性
技能・日本語試験合格証	分野に応じた正しい試験区分か
健康診断個人票	喀痰検査の要否など医師の署名をチェック
履歴書	技能実習時代の履歴と1日のズレもないか

カテゴリー区分と書類提出の簡素化について

特定技能の申請準備を進める際、よく「うちはカテゴリーいくつに該当するのか？」というご質問をいただきます。ここで整理しておきたいのが、特定技能には「技術・人文知識・国際業務」などで使われる「カテゴリー1〜4」という区分は存在しないという点です。

その代わりに、2025年（令和7年）4月からの大規模な制度改正により、「初めての受入れか、継続的な受入れか」という区分で提出ルールが大きく変わりました。

「新規受入れ」か「継続受入れ」かによる違い

最新の運用ルールでは、企業の納税証明書や社会保険の納付資料といった「適格性書類」を出すタイミングが次のように整理されています。

• 初めて特定技能外国人を受け入れる場合
  従来通り、在留資格の申請時（COE申請等）に、企業概要書や納税・社保関係の書類一式を提出する必要があります。
• 既に特定技能外国人を受け入れている場合
  原則として、個別の申請（認定・変更・更新）のたびに適格性書類を出す必要はなくなりました。その代わり、年に1回の「定期届出（受入れ・活動・支援実施状況に係る届出）」の際に、これらの書類をまとめて報告する運用に集約されます。

適格性書類の「提出省略」ができる優良な機関

さらに、一定の信頼性や規模を持つ機関については、年1回の定期届出の際であっても適格性書類の提出を省略できる特例があります。対象となるのは主に以下の機関です。

1. 日本の証券取引所に上場している企業
2. 保険業を営む相互会社
3. 高度専門職省令に基づく「イノベーション創出企業」
4. 一定の条件を満たす地方公共団体等
5. 前年分の源泉徴収税額が1,000万円以上ある団体・個人
6. 3年間の受入れ実績があり、直近3年間債務超過でない法人

この簡素化によって企業の事務負担は軽減されますが、一方で年1回の「定期届出」でまとめてチェックされる内容が、より企業のコンプライアンス実態を問うものになることを意味します。提出書類が減るからといって、管理が不要になるわけではありません。今まで以上に外国人の雇用管理に細心の注意を払い、複雑な最新ルールを正確に把握する必要があります。

【フェーズ5】入管への申請と審査の「落とし穴」

書類が整ったら、管轄の地方出入国在留管理局へ申請します。

審査期間とオンライン申請

海外呼び寄せの審査期間は、標準的に1ヶ月から3ヶ月を要します。

特に注意！「不許可」になる代表的事例

1. 整合性の欠如
   本人が過去に「短期滞在」や「技能実習」で申請した際の学歴・職歴と、今回の書類の内容に矛盾がある場合、虚偽申請とみなされ、不許可だけでなく将来の入国も困難になります。
2. 税金・社保の滞納
   企業の納付遅延は非常に厳しくチェックされます。申請直前に慌てて納付しても、その「遅延」という事実が不許可理由になることがあります。
3. 控除額の不適切設定
   給与から天引きする家賃や光熱費が、実費を大幅に超えて企業の「利益」になっていると判断されると、不当な搾取とみなされます。

まとめ

特定技能の認定申請は、単なる「事務作業」ではありません。入管法、労働法、そして最新の省令改正を網羅し、数十種類の書類の「整合性」を完璧に整える高度な法務プロセスです。

特に2024年の制度改正により、協議会加入のタイミングや提出書類の区分など、実務はより精緻な対応を求められるようになっています。人事担当者が独力で取り組むことは、多くの時間と労力を費やすだけでなく、一箇所の不備による「不許可」という、経営上の大きな損失（機会損失や受入れ停止リスク）を招く恐れもあります。

最新の制度変更を熟知し、入管局との調整実績が豊富な行政書士等の専門家に手続きを依頼することは、単なる代行ではありません。それは、最短・確実な人材確保を実現し、企業が安心して本業に集中するための「不可欠な投資」であると言えます。